歯磨きのタイミングや回数については、諸説あり、また、どの説も決定的に科学的な根拠が証明されるには至っていません。しかし、最低１日２回のブラッシングと、１日１回のフロッシングを行うことが望ましいと言われています。

最も効果的なプラーク・コントロールのタイミングは、就寝前と言われており、これは概ねどの説も一致しています。ヒトは活動時に唾液を常に出しており、常に口腔内を洗浄している状態にはありますが、眠っている間は、唾液量が非常に少なくなります。したがって、就寝前には特にしっかりと、ブラッシングとフロッシングを行い、プラークの量を減らしておくことが大切なのです。

それと同じ理由で、朝のブラッシングも効果があります。唾液分泌が少なくなる就寝中に、口腔内の細菌は、少なからず増殖しています。ですので、起床後もブラッシングを行い、口腔内のプラークを減らしておきましょう。

食後のブラッシングについては諸説あり、食後すぐに行う方が良いとする意見、食後は唾液の分泌が活発になるので必要ないという意見、30分～1時間たってから行うのが良いという意見があります。しかしブラッシングは、プラークを除去するだけでなく、細菌の栄養源となる、口腔内の残存食物を除去するという意味もあります。特に現代の職場環境、学校環境は空調設備が整っている反面、口腔内も乾燥しがちになり、プラークが成長しやすいので、毎食後もブラッシングを行うのが理想的でしょう。ただし、強い酸性の食品を摂取した直後や、口腔内が酸性になる病気の人、嘔吐の直後には、歯が脆くなっており、食後すぐに歯を磨くと歯が削れる恐れがあるので、食後直のブラッシングは控えた方が良いと言われています。